STIT Buntet Pesantren Cirebon berdiri sejak tanggal 31 Oktober 2017 dengan SK Dirjen Pendidikan Islam Kementrian Agama RI nomor 6013 tahun 2017. STIT Buntet Pesantren secara administratif akademik terikat oleh struktur kelembagaan KOPERTAIS Wilayah II Jabar-Banten dan Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI, sebagai Pembina dan Pengarah serta kekuatan induk inspirasinya.